分子医学的核心任务是阐明人类疾病在分子、细胞和整体水平的生理、病理机制，并通过综合集成，将有关成果转化为临床预测、诊断、干预和治疗的有效手段，增进人类健康。分子医学以 “从分子到人”、多学科综合交叉、研究与应用并重为特色，是功能基因组时代生命科学发展的大趋势。

北京大学分子医学研究所（Institute of Molecular Medicine, Peking University, IMM PKU）创建于 2004 年，研究所以心血管病和代谢综合征等重大疾病为主题，集基础、转化、前临床研究为一体，秉持从分子到疾病模型到人 “一条龙” 的研究战略，进行分子机理和转化医学的研究。分子医学研究所已建成了具有国际水准的 18 个研究室和研究中心、5 个大型公共科研平台，其中包括国际知名的 “非人灵长类研究中心”，并以研究所为依托成立了北京大学分子医学南京转化研究院。在未来的发展中，分子医学研究所继续强调深层次合作、协同创新与集成创新，以 “兼容并包、追求卓越” 为己任，开展代谢与心血管转化医学研究。核心宗旨是解决事关中国国计民生的重大生物医学课题，培养 “创新型、复合型、学科交叉型” 领军人才。