教授
个人简介
研究领域为生物信息学和计算生物学，主要研究兴趣包括基于大数据的医学数据挖掘与分析、基因组与微生物组生物信息学方法和技术、基因组演化与生物进化、蛋白质分子动力学等问题。主持发展的微生物基因组分析与基因预测系列方法处于领先水平，并被应用于多项微生物基因组测序计划。近年来，致力于发展深度学习、人工智能方法，运用于二代/三代测序技术下的基因组学问题，在病原与病毒的微生物组学分析、人类基因组结构变异检测与疾病关联分析等完成了一系列原创性的工作，申请专利与软件著作权7项。生物信息学算法与工具的工作大部分在Bioinformatics、Nucleic Acids Res.、GPB、GigaScience、Nat. Machine Intelligence等重要刊物发表；近年来与临床医学实验室密切合作，在Gastroenterology、Clin. Gastroenterol. H.、Oxid. Med. Cell Longev.等临床领域重要刊物发表一系列的研究工作。2004年以来，共计发表SCI论文60余篇，其中JCR Q1分区论文30余篇，影响因子超10的论文5篇，研究结果被Cell、Nature、Nature Methods等正面引用或专门报道。
现任工学院党委副书记、北京大学教学指导委员会委员、北京大学信息与工程学部教学指导委员会委员、北京大学元培学院导师；主要学术兼职包括北京生物信息学研究会秘书长、中国医药生物技术协会生物医学信息技术分会常务委员、中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专业委员会委员、北京生物医学工程等学术期刊编委。在北大任教以来，已培养毕业博士生23人、毕业硕士生16人，并作为博士生导师先后获得了北京市优秀博士论文、北京大学优秀博士论文、全国优秀博士论文提名奖等。先后获得中国生物医学工程联合学术年会青年优秀论文奖（通讯作者）、中国生物医学工程大会青年优秀论文奖（通讯作者），以及北京大学首届教学优秀奖（研究生部分）、北京大学教学优秀奖、北大宝洁奖教金、北大方正优秀奖教金、埃克森-美孚北大奖教金、新奥教学责任教授。
所授课程
本科生：
《现代工学通论》（必修，2学分）
《生物医学工程设计I》（必修，2学分）
《计算生物学导论》（选修，3学分）
研究生：
《统计与数据分析》（必修，研究生数学平台课，3学分）
《生物医学应用数学》（必修，3学分）
教育背景
1988.09 – 1992.07 华中理工大学（现华中科技大学）力学系
1994.09 – 1997.07 北京大学力学系 硕士 导师：陈耀松、谈庆明、郑哲敏
1997.09 – 2000.12 北京大学力学系 博士 导师：吴江航
工作简历
2001.01 – 2002.12 北京大学湍流与复杂系统国家重点实验室、北京大学理论生物学中心 博士后
2002.12 – 2006.03 北京大学力学系 副教授
2007.08 – 2009.08 赫尔辛基大学芬兰基因组中心 访问学者
2006.03 – 至今 北京大学工学院生物医学工程系、北京大学未来技术学院 教授
承担项目
n 主持国家自然科学基金面上项目“病毒宿主和感染性预测及病毒系统分类的算法研究（No. 32070667）”（2021~2024） 60万
n 主持国家重点研发计划重点专项《重要疫源微生物组学研究》课题“微生物多组学生物信息新算法研究与平台构建（No. 2017YFC1200205）”（2017~2020） 517万
n 主持国家自然科学基金面上项目“微生物群落环境适应性的宏基因组学研究（No. 31671366）”（2017~2020） 62万
n 主持北京大学临床医学+X专项项目（“建设世界一流大学（学科）和特色发展引导专项”项目）“基于肠道微生物组学的多组学精准医学联合平台”（No. PKU2017LCX14） 100万
n 主持国家自然科学基金重大研究计划培育项目“极端微生物宏基因组微进化的计算生物学研究（No. 91231119）”（2013～2015） 100万
n 主持国家自然科学基金重点项目“神经影像的时间信息提取及其在中枢药物疗效检测中的应用（No. 61131003）”（2012～2016） 280万
n 主持国家自然科学基金面上项目“人肠道微生物组的基因预测与序列拼接方法研究（No. 30970667）”（2010~2012） 32万
n 主持国家自然科学基金面上项目“基于翻译起始机制的原核基因组比较的生物信息学研究（No. 30770499）”（2008~2010） 27万
n 主持国家自然科学基金青年基金项目“真核基因预测新算法的研究（No. 30300071）”（2004~2006） 20万
n 主持北京市优秀博士学位论文指导教师科技项目“宏基因组的生物信息学方法和技术（No. YB20101000102）”（2011～2013） 50万
n 负责国家重点基础研究发展计划（973计划）子课题“基于表达调控网络的基因功能预测（No. 2003CB715905）”（2003~2008） 96万
代表性论文
1. Wu SF, Fang ZC, Tan J, Li M, Wang CH, Guo Q, Xu CM, Jiang XQ, Zhu HQ*. Distinguish virulent and temperate phage-derived sequences in metavirome data with a deep learning approach. GigaScience, 2021, 10(9): giab056.
2. Yang C, Zhou M, Xie HL, Zhu HQ*. LncADeep performance on full-length transcripts. Nature Machine Intelligence, 2021, 3: 197-198.
3. Wang LT, Qu L, Yang LS, Wang YY, Zhu HQ*. NanoReviser: an error-correction tool for nanopore sequencing based on a deep learning algorithm. Frontiers in Genetics, 2020, 11: 900.
4. Jiang XQ, Li X, Yang LS, Liu CH, Wang Q, Chi WL, Zhu HQ*. How microbes shape their communities? A microbial community model based on functional genes. Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 2019, 17(1): 91-105.
5. Yang C, Yang LS, Zhou M, Xie HL, Zhang CJ, Wang M DM, Zhu HQ*. LncADeep: An ab initio lncRNA identification and functional annotation tool based on deep learning. Bioinformatics, 2018, 34(22): 3825-3834.
6. Liu YX, Zhang L, Wang XQ, Wang Z, Zhang JJ, Jiang RH, Wang XQ, Wang K, Liu ZJ, Xia ZW, Xu ZJ, Nie Y, Lv XL, Wu XL, Zhu HQ*, Duan LP*. Similar fecal microbiota signatures in patients with diarrhea-predominant irritable bowel syndrome and patients with depression. Clinical Gastroenterology and Hepatology, 2016, 14(11):1602-1611.
7. Wang XQ, Wang Q, Guo X, Liu LY, Guo JT, Yao JX, Zhu HQ*. Functional genomic analysis of Hawaii marine metagenomes. Science Bulletin, 2015, 60(3): 348-355.
8. Zheng XB, Hu GQ, She ZS, Zhu HQ*. Leaderless genes in bacteria: clue to the evolution of translation initiation mechanisms in prokaryotes. BMC Genomics, 2011, 12: 361.
9. Luo CW, Hu GQ, Zhu HQ*. Genome reannotation of Escherichia coli CFT073 with new insights into virulence. BMC Genomics, 2009, 10: 552.
10. Hu GQ, Zheng XB, Yang YF, Ortet P, She ZS, Zhu HQ*. ProTISA: a comprehensive resource for translation initiation site annotation in prokaryotic genomes. Nucleic Acids Research, 2008, 36, D114-119.